西瓜枯萎病病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机服或土壤中越冬,成为翌年主要侵染源。该菌能在土壤中存活6年,菌核、厚垣孢子通过家畜消化道后仍具活力。采收的病瓜经试验,瓜柄、瓜瓤、瓜咱都可带菌发病,所以,在田间边吃瓜边扔下病瓜的瓜皮、瓜籽,或从病田采收的带菌种子作商品种子出售,播种带病种子,这些都成为次要侵染源。以上这些传病的因素均在土中,西瓜根的分泌物刺激带病体,病菌的厚垣孢子萌发,从根毛顶端细胞间或根部伤口侵入,先在细胞内或薄壁细胞间生长后进入维管束,在导管内发育,分泌果胶酶和纤维素酶,破坏细胞,阴塞导管,干扰新陈代谢,致使西瓜萎蔫,中毒枯死。
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