种藕的消毒特别是从外地引进回来的种藕往往带有一些病原体，在生长过程中较容易发生病害。为此，种藕最好先消毒而后栽植。消毒的方法是：用50％多菌灵或甲基托布津800倍液，加75％百菌清可湿性粉剂800倍液，喷雾种藕。此后用塑料薄膜覆盖，密封闷种24小时，晾干后即可播种。